Фамилия Щипкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Щипки). Основа здесь — слово «щипок» или глагол «щипать». Прозвище Щипка могли дать человеку с характерным жестом, привычкой щипать собеседника или самого себя, либо тому, кто занимался щипанием — например, щипал пеньку, лён или корпию для перевязок. В северных и центральных губерниях России «щипкой» называли также мелкого воришку, который «щиплет» чужое добро, но это скорее вторичное, переносное значение.

Интересно, что фамилия Щипкин не имеет варианта на -ов (Щипков), хотя оба суффикса конкурируют в русской ономастике. Отсутствие формы Щипков указывает на то, что прозвище Щипка было именно личным, а не патронимическим от имени Щип, — иначе мы бы видели суффикс -ов. Это редкий случай, когда фамилия сохранила архаичную модель образования от прозвища с окончанием -а, которое затем присоединило -ин, а не -ов.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от глагольных основ разбираются как типичные для крестьянской и посадской среды. Щипкин — фамилия недворянская, не книжная; её носители, скорее всего, были ремесленниками или крестьянами, чьё прозвище закрепилось за родом в XVI–XVII веках. Географически фамилия встречается в основном в центральных областях России, реже — на Урале, куда она попала с переселенцами.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Щипачёв, Щипалкин, Щипцов, — то Щипкин стоит особняком: он короче, без добавочных суффиксов, и указывает на прямое прозвище, а не на занятие (как Щипцов, от «щипцы» — инструмент). Версия о происхождении от диалектного «щипка» (небольшая травма, укус) маловероятна: такие основы не дают устойчивых прозвищ. Правдоподобнее всего связь с действием — щипать, то есть работать руками, либо с поведенческой чертой.