Фамилия Шелеля — редкая и нестандартная по своему строению. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, эта фамилия застыла в форме, которая напоминает слово с «живым» окончанием -я. Такая модель нетипична для великорусской традиции: чаще всего фамилии на -я встречаются у украинцев, поляков или белорусов (Шевченко — не в счёт, там другая модель, но, например, Шелеля звучит как украинская или западнорусская форма).

Основа фамилии — «шелель». Сразу бросается в глаза связь с глаголом «шелестеть» или существительным «шелест». В русских говорах «шелель» могло означать что-то шуршащее, сухое, лёгкое — например, сухой лист или стружку. Однако есть и более конкретная версия: в юго-западных диалектах (украинских, белорусских) «шелель» — это вид рыбы, пескарь или мелкий карась. Прозвище Шелеля могли дать рыболову, торговцу рыбой или просто человеку с вертлявым, юрким характером — в переносном смысле «скользкий, как рыба».

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с еврейским именем Шелель (уменьшительное от Шеломо, то есть Соломон). В этом случае фамилия могла появиться в черте оседлости и указывать на происхождение от человека по имени Шелель. Однако окончание -я в еврейских фамилиях встречается редко, чаще используют -ович или -ман.

С точки зрения словообразования, фамилия Шелеля — это не русифицированная форма, а скорее украинская или польская (сравните с фамилиями Шелест, Шелестюк, Шелельо). Суффикс -я здесь выполняет роль окончания, а не суффикса принадлежности, что говорит о том, что фамилия могла быть записана в документах без адаптации к русскому языку. Если предки носили эту фамилию, они, скорее всего, происходили из западных регионов Российской империи — современной Украины, Беларуси или Польши.

Сословно фамилия не даёт подсказок: прозвище мог носить как крестьянин, так и мещанин. Встречаемость фамилии в современных источниках крайне низкая, что делает её интересным объектом для генеалогического поиска — скорее всего, носители сосредоточены в нескольких локальных гнёздах.