Фамилия Шелепенькина — женская форма от Шелепенькин, а он, в свою очередь, образован от прозвища Шелепенька. В основе лежит слово «шелепень» (или «шелеп»), которое в русских говорах имело несколько значений, и все они — не про изящество. Самое распространённое: «шелепень» — это длинный кнут, плеть или даже просто хворостина. В переносном смысле так могли прозвать высокого, худого человека — «длинный, как хлыст». Вторая версия, не менее яркая: «шелепень» — болтун, пустомеля, человек, который «мелет языком», как плетью хлещет. Встречается это слово и в значении «лентяй», «ротозей» (от диалектного «шелепить» — делать кое-как, мешкать).

Модель образования фамилии проста и прозрачна: суффикс -ин (в женском роде -ина) указывает на принадлежность: «чей?» — Шелепенькин, то есть сын, дочь или потомок Шелепеньки. Это типичная «семейная» фамилия, распространённая в среде крестьян и посадских людей, где прозвище отца или деда переходило на детей без изменений. Суффикс -еньк- в основе — уменьшительный, он смягчает прозвище: Шелепенька — это не просто «кнут», а скорее «кнутик» или «хворостинка», что могло быть дразнилкой для подростка или щуплого мужика.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской, Ярославской губерниям, где слово «шелеп» было в ходу. Встречается и на Урале, куда переселенцы принесли говор. В современной России фамилия Шелепенькина редкая, но не исчезнувшая: её носители живут в основном в Поволжье и на юге Западной Сибири.

Среди однокоренных фамилий — Шелепов, Шелепин, Шелепков. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами: -ов указывает на отчество от полной формы (Шелеп), а -ин — на прозвище с уменьшительным суффиксом. Шелепенькина стоит особняком именно из-за двойного суффикса -еньк-ин, что делает её «ласкательной» по форме, но вовсе не по смыслу прозвища. Это типичный случай, когда фамилия звучит мягче, чем её исходное значение.