Фамилия Шелепугин — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором между двумя совершенно разными корнями. Первое, что бросается в глаза, — основа «шелеп-», которая в русских говорах имела вполне конкретное значение. В словарях Даля и других диалектных источниках «шелеп», «шелепа» или «шелепень» — это плеть, кнут, хлыст, а также удар таким орудием. Отсюда прозвище Шелеп или Шелепуга могли дать человеку резкому, скорому на расправу, либо тому, кто постоянно носил с собой кнут — например, пастуху или вознице. В этом случае фамилия образована по типичной модели от прозвища с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Шелепугин, то есть сын или потомок Шелепуги.

Однако есть и вторая, не менее вероятная версия. В тех же говорах «шелепуга» означала не только кнут, но и… небольшую рыбу, обычно плотву или уклейку. В некоторых регионах, особенно на севере и в Сибири, так называли мелкую, костлявую рыбешку. Прозвище Шелепуга в таком контексте могло достаться невысокому, худому человеку или же заядлому рыбаку. Выбор между этими двумя значениями — «кнут» и «рыба» — без привязки к конкретной местности и истории рода сделать почти невозможно. Спор этот не надуман: обе версии имеют под собой реальную лексическую почву, и каждая по-своему объясняет, почему человека могли так назвать.

Обратим внимание на суффиксальную модель. Фамилия оканчивается на -ин, что типично для фамилий, образованных от основ на -а, -я. Это одна из древнейших моделей русского именования, уходящая корнями в домосковскую эпоху. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще возникали от имен и прозвищ на согласный, -ин указывает на женский или «акающий» вариант основы. В данном случае прозвище Шелепуга (с ударением, скорее всего, на последний слог) дало именно такую форму.

Географически фамилия Шелепугин не привязана к какой-то одной узкой области, но чаще встречается в центральных и поволжских регионах России. Встречаются и однокоренные фамилии — Шелепов, Шелепин, Шелепень, — что подтверждает распространенность корня. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Шелеп, что говорит о древности этого именования в среде непривилегированных сословий. Дворянских родов Шелепугиных в известных родословных книгах не зафиксировано, так что, скорее всего, фамилия эта — крестьянская или мещанская, и предки носителей были либо пастухами, либо рыбаками, либо людьми с крутым нравом.