Фамилия Шелепугина восходит к прозвищу Шелепуга, в основе которого лежит нарицательное «шелеп» - «плеть, палка, хворостина». Скорее всего, Шелепугой называли высокого, худого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шелепуга, со временем получил фамилию Шелепугина.