В основе прозвища Шелепун лежит нарицательное «шелеп» - «плеть, палка, хворостина». Скорее всего, Шелепуном называли того, кто не гнушался «шелепать» (то есть бить плёткой или палкой) других. Следовательно, прозвище могло указывать на особенности характера предка, например, на чрезмерную властность, жесткость человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шелепун, со временем получил фамилию Шелепунов.