Фамилия Шелепун — одна из тех, что звучит необычно и сразу привлекает внимание. Её основа — прозвище, а не крестильное имя, что указывает на древнюю традицию именования по характерному признаку или занятию.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «шелепун». В южнорусских и украинских говорах так называли болтуна, пустомелю, человека, который мелет языком чепуху. Слово образовано от глагола «шелепать» — болтать, говорить вздор. Суффикс -ун (-юн) в русских прозвищах типичен для характеристики человека по действию (ср. «крикун», «молчун», «ворчун»). Таким образом, Шелепуном могли прозвать говорливого, несерьёзного человека, любителя пустых разговоров.

Вторая, менее распространённая версия, выводит фамилию от слова «шелеп» — в некоторых диалектах так называли кнут, плеть или хлыст. В этом случае Шелепун мог означать «тот, кто ходит с шелепом» — например, пастух или погонщик скота. Однако эта версия слабее: суффикс -ун редко образует прозвища от названий предметов, чаще — от глаголов.

Фамилия Шелепун — безсуффиксальная, образована напрямую от прозвища, без добавления типичных фамильных формантов -ов/-ев или -ин. Такая модель встречается в основном на украинских и южнорусских землях, где прозвища нередко переходили в фамилии в исходной форме. Географически фамилия тяготеет к Украине и югу России, встречается в исторических записях по Полтавской, Харьковской и Курской губерниям.

Словообразовательно фамилия проста: корень «шелеп-» и суффикс деятеля «-ун». Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Шелепу́н. Встречаются варианты написания через «и» — Шилипун, что связано с аканьем или местными говорами, но основная форма закрепилась как Шелепун. Фамилия редкая, и её носители, вероятно, вели происхождение от одного или нескольких родственных родов из чернозёмной полосы.