Фамилия Шереков — редкий случай, когда географический след просматривается чётче, чем смысл основы. Её ядро — «шерек» — в современном русском языке самостоятельного значения не имеет, и это открывает простор для двух основных версий, ни одна из которых не выглядит натянутой.

Первая и самая вероятная версия — топонимическая. В Вологодской области и соседних районах Архангельской встречаются названия рек и ручьёв с корнем «Шере»: Шереньга, Шеренга, Шерега. Есть и конкретный топоним — река Шерековка в бассейне Северной Двины. В этом случае Шереков — изначально прозвище человека, жившего на такой реке или переселившегося оттуда. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Шерека», а сам Шерек — сокращение от названия местности или прозвище по ней.

Вторая версия — фонетическая. В северных говорах (особенно в тех же вологодских и архангельских) нередко «щ» переходило в «ш» на письме или в произношении. Фамилия могла возникнуть от слова «щерок» — уменьшительной формы от «щерба» (зазубрина, выбоина, ущерб). Тогда Шереков — потомок человека по прозвищу Щерок или Шерок, то есть щербатого, с дефектом зуба или лица. Это объяснение подтверждается тем, что фамилия Шероков (с тем же корнем, но другим суффиксом) встречается в тех же краях.

Обе версии сходятся на одном: фамилия Шереков — северная, скорее всего вологодская или архангельская. В метрических книгах XIX века она фиксируется в основном в Вельском, Шенкурском и Тотемском уездах. Это фамилия крестьянского сословия, без дворянских корней. Носители её — потомки людей, которых прозвали по речке или по внешнему признаку, и прозвище это закрепилось за родом без изменений.