Фамилия Шерекин образована по очень простой и распространённой модели: к основе прозвища или имени добавили суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шерекин — это «чей?» — сын или потомок Шереки. Сама основа «Шерека» — это, скорее всего, прозвище, и здесь есть несколько версий происхождения, но все они сводятся к одному смысловому полю.

Самая вероятная версия связывает прозвище с диалектным глаголом «шерекать» или «шеркать». В разных говорах это слово означало «шаркать», «греметь», «шуметь», «бренчать». Человек, которого прозвали Шерекой, мог быть тем, кто ходит шаркающей походкой, громко гремит посудой или просто производит много шума. В этом случае прозвище носило бытовой, характерологический оттенок — давали его по заметной внешней или поведенческой черте.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь со словом «шеренга» (строй). В этом случае Шерекой могли в шутку назвать рослого, прямого человека, который «стоит как в строю». Однако эта версия слабее: фонетически переход «шеренг» в «шерек» не совсем типичен для русских говоров, и фамилий с основой «Шеренг-» (например, Шеренгов) существует отдельная группа.

Суффикс -ин указывает на севернорусское или южнорусское происхождение фамилии. В центральных областях России чаще использовали суффикс -ов/-ев. Географически фамилия Шерекин встречается в основном в Поволжье и на юге страны, что косвенно подтверждает её диалектную природу — именно в этих регионах бытовал глагол «шерекать».

Интересно, что у фамилии есть «двойники» с похожим звучанием, но разной этимологией: Шершаков (от «шершавый»), Шерстобитов (от ремесла), Шершнев (от насекомого). Шерекин стоит особняком — его основа не связана ни с животным миром, ни с профессией, а чисто со звукоподражательным или поведенческим прозвищем.