Фамилия Шешель образована от аналогичного прозвища, которое ведет свое начало от слова «шешель». В северорусских говорах это слово означает «моль». Вполне вероятно, что такое прозвищем могли называть маленького, то есть невысокого и худого человека. По другой версии, прозвище Шешель восходит к татарскому глаголу «шишлять», имеющему значение «копаться, мешкать». Соответственно, прозвище Шешель мог получить медлительный, нерасторопный человек. Однокоренные прозвища и фамилии встречаются в исторических документах XV-XVI веков: новгородский крестьянин Шешел, конец XV века; новгородский крестьянин Шишел Елизаров; сотский Шишляй Омельянов 1558 год.