Фамилия Шибенков — одна из тех, чей корень вызывает устойчивую ассоциацию с русским глаголом «шибить», то есть бить, ударять, бросать или кидать с размаху. Однако за этим грубоватым звучанием стоит не обязательно прозвище драчуна. Слово «шибеник» в русских говорах имело два основных значения: либо озорник и буян, либо, что интереснее, — висельник, то есть человек, заслуживающий виселицы, или даже повешенный. Прозвище Шибенок, от которого образована фамилия, мог получить человек с тяжёлым характером, склонный к скандалам, но не обязательно преступник — в крестьянской среде так могли назвать и просто отчаянного сорванца.

Суффикс -ов в фамилии Шибенков указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Шибенков буквально означает «сын Шибенка». Сама основа Шибен- образована от прозвища Шибень или Шибеня с помощью уменьшительного суффикса -ок, что типично для северных и центральных русских говоров. Таким образом, фамилия фиксирует не столько род занятий, сколько личную характеристику первого носителя прозвища.

Географически фамилия Шибенков встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, особенно в Нижегородской, Владимирской и Костромской областях. В этих краях слово «шибеник» было в ходу именно в значении «озорник» или «бедовый человек». Встречаются и варианты написания — Шибенко, Шибенков, Шебенков, что связано с диалектным произношением и не всегда точной записью в метрических книгах.

Ономасты, в частности Б. Унбегаун в своём труде «Русские фамилии», относят Шибенкова к группе фамилий, образованных от прозвищ, связанных с физическими действиями или чертами характера. В отличие от фамилий ремесленного происхождения, такие прозвища не давали информации о социальном статусе, а скорее отражали народную наблюдательность и склонность к метким, иногда жёстким характеристикам.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её связывают с тюркским корнем «шибен» (муха), но это маловероятно — суффикс -ов и типично русская модель образования указывают на славянскую основу. Также не стоит путать Шибенкова с фамилией Шибанов, образованной от имени Шибан (тюркское «ударный, боевой»), хотя оба корня звучат похоже. Шибенков остаётся в кругу исконно русских прозвищ, понятных без перевода.