Фамилия Шикир — редкий случай, когда основа не имеет очевидных славянских корней и не поддаётся простому разбору через нарицательную лексику русского языка. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от имён, профессий или прозвищ, Шикир почти наверняка имеет тюркское происхождение.

Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «шекер» или «шикер» — сахар. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, азербайджанском) это слово могло стать личным именем или ласкательным прозвищем. Имя Шекер у народов Поволжья и Кавказа давали детям, желая подчеркнуть их сладость, привлекательность или ценность для семьи. В таком случае фамилия Шикир — это русифицированная форма тюркского имени, оформленная по модели русских фамилий без суффикса (так называемые усечённые фамилии, которые встречаются у крещёных татар и башкир).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским словом «шикр» (благодарность). Однако в тюркской среде, где фамилия могла возникнуть, форма «Шикир» чаще всего восходит именно к «сахару». Нельзя исключать и вариант, что фамилия является искажённым вариантом фамилии Шикер или Шекеров, записанной при переписи населения на слух.

Географически фамилия Шикир тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также к Северному Кавказу (особенно к кумыкам и ногайцам). В русской среде она практически не встречается, что подтверждает её иноязычную природу. Предки носителей фамилии, вероятно, были крещёными татарами или представителями других тюркских народов, принявшими православие, но сохранившими в фамилии память о старом родовом имени.