Фамилия Шипаков образована от прозвища или имени Шипак. В основе лежит слово «шип» — в прямом значении (колючка, остриё) или переносном. Самая вероятная версия: Шипаком в старину называли колючего, язвительного, неуживчивого человека. Прозвища по характеру давали часто, и они легко закреплялись за потомками. Менее распространённая гипотеза связывает Шипака с названием рыбы шиповки (колюшки) — тогда прозвище мог получить рыбак или человек с «колючей» внешностью.

Фамилия построена по стандартной русской модели: суффикс -ов присоединялся к основе на согласный, образуя притяжательное прилагательное. Шипаков буквально означает «сын Шипака». Эта модель — самая массовая в русской ономастике, но конкретно для Шипаковых она указывает на прозвищное, а не на крестильное происхождение: в святцах имени Шипак нет.

Редкость фамилии в том, что она не имеет однозначной географической привязки к одному региону. Шипаковы встречаются и на Русском Севере, и в центральных областях, и в Сибири. Это говорит о том, что прозвище возникало независимо в разных местах — колючий характер везде находили. В некоторых говорах «шипак» означало ещё и шиповник, но для прозвища это значение менее характерно: растения редко становились основой для личных имён.

В дореволюционных списках фамилия не принадлежала к дворянским — это типичная крестьянская или мещанская фамилия. Словообразовательный разбор прост: Шип-ак-ов, где -ак — уменьшительно-оценочный суффикс (как в Рыжак, Добряк), а -ов — патронимический. По сравнению с однокоренными Шипов и Шипилов фамилия Шипаков встречается реже, что добавляет ей ценности для генеалогического поиска.