Фамилия Шипифцын — редкая и на первый взгляд необычная. Её можно разобрать, если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ын. В основе лежит слово «шипифца» или «шипица». В говорах русского Севера и Сибири так называли колючку, шип, занозу, а также мелкую костистую рыбу (ерша или бычка). Человек мог получить прозвище Шипифца за колючий характер, за худобу и угловатость или за профессию, связанную с ловлей и продажей мелкой рыбы.

Суффикс -ын (фонетический вариант -ин) указывает на принадлежность: «чей?» — «Шипифцын», то есть сын или потомок Шипифцы. Такая модель образования фамилий особенно характерна для северных и центральных областей России. В отличие от более распространённого -ов, суффикс -ин часто закреплялся за прозвищами, оканчивающимися на -а или -я.

Написание фамилии с буквой «ф» в середине — ещё одна примета. В диалектах звук «ф» иногда заменял «хв» или «п»: «шипифца» могло быть искажением слова «шипица» под влиянием местного произношения. Встречаются однокоренные фамилии Шипицын, Шипицин, Шипилов, но Шипифцын стоит особняком — это более архаичный, «живой» вариант, сохранивший редкую диалектную черту.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Кировской областям. В дореволюционных переписях Шипифцыны чаще всего числились государственными крестьянами, реже — мещанами. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.