Фамилия Шкарабейников — редкий случай, когда прозвище предка можно восстановить почти дословно, но без знания южнорусских говоров это сделать трудно. В основе лежит слово «шкарабейник» — человек, который шкарабается, то есть царапается, скребётся, карабкается с трудом. В курских, орловских и воронежских диалектах глагол «шкарабаться» (или «скарабаться») означал «лезть с усилием», «цепляться», «продираться сквозь чащу». Прозвище Шкарабейник могли дать неуклюжему, медлительному или, наоборот, настырному человеку, который лезет напролом. Менее вероятная, но возможная версия — связь с «шкарб» (польск. skarb — скарб, богатство), тогда прозвище относилось бы к скряге или бережливому хозяину, но фонетика «шкараб-» указывает скорее на глагольную основу.

Суффикс -ейник в прозвище нетипичен для русских фамилий: обычно мы встречаем -ник (сапожник, плотник). Формант -ейник мог возникнуть под влиянием украинских или белорусских говоров, где -ейник встречается чаще (например, шкарапейник — от «шкарапа»). Сама фамилия образована по стандартной патронимической модели: Шкарабейник + -ов, то есть «сын Шкарабейника». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на третий слог: Шкарабéйников, хотя в бытовой речи встречаются варианты.

Фамилия почти не встречается за пределами юга России и востока Украины. В дореволюционных метрических книгах её фиксировали в основном в Курской, Харьковской и Воронежской губерниях — в среде крестьян и однодворцев. Сословная принадлежность предков ясна: это не дворянский род и не купеческая династия, а простое прозвище, закрепившееся за крестьянской семьёй. Сейчас носителей фамилии мало, и большинство живёт в Белгородской, Курской и Воронежской областях.

Интересно, что фамилия Шкарабейников избежала типичного для юга упрощения: в украинской среде она могла бы превратиться в Шкарабея или Шкарабу. Сохранение полной формы с суффиксом -ник указывает на то, что прозвище было устойчивым и осмысленным для окружающих — они понимали, кого называют «шкарабейником».