Фамилия Шкарбина — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён или названий профессий, эта, скорее всего, восходит к прозвищу, которое давалось по какой-то характерной черте внешности или поведения.

В основе фамилии лежит слово «шкарб» или «шкарба». В южнорусских и украинских говорах так называли скарб, имущество, пожитки. Человек по прозвищу Шкарба мог быть либо запасливым хозяином, либо, наоборот, тем, кто тащит в дом всё подряд. Однако есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «шкарбать» означало «царапать», «скрести». Тогда прозвище могло относиться к человеку с грубой, огрубевшей кожей или к тому, кто постоянно возится с чём-то, скребёт.

Формант «-ин» указывает на принадлежность. Фамилия Шкарбина — это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?». Она образована от мужского прозвища Шкарба по модели «сын Шкарбы» или «жена Шкарбы». Такая модель типична для северных и центральных областей России, хотя сама основа — южного происхождения. Это говорит о том, что предки носителей фамилии могли переселиться с юга на север или же фамилия закрепилась в пограничных регионах, где смешивались говоры.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шкарба, Шкарбенко, Шкарбунов) показывает, что корень «шкарб» в русской ономастике редок. В отличие от фамилий на «-ский» или «-ов», которые могли указывать на дворянское или служилое происхождение, Шкарбина — фамилия крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвища были простыми и бытовыми.

Встретить её можно в основном в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани, а также в некоторых районах Украины, где сохранилось украинское произношение. Известных носителей с громкой исторической славой нет, что только подтверждает её народное, «низовое» происхождение.