Фамилия Шкарпина — женская форма, а мужская, Шкарпин, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на согласный с помощью суффикса -ин. Такие фамилии обычно указывали на принадлежность человеку — «чей?» — и часто возникали из прозвищ или профессий отца.

Корень здесь — «шкарп» или «шкарпа». В русских говорах слово «шкарпа» имело несколько значений, и все они бытовые, крестьянские. В северных и сибирских диалектах «шкарпать» — значит скрести, царапать, чесать. Отсюда прозвище Шкарпа могли дать человеку с привычкой чесаться, неряшливому, либо, наоборот, тому, кто постоянно что-то скребёт — например, плотнику или кожевнику. В украинском и белорусском языках «шкарпетка» — носок, чулок; прозвище Шкарпа могло закрепиться за чулочником или торговцем носками. Есть и польский след: «szkarpa» — крутой склон, обрыв, так могли назвать человека, жившего на обрывистом берегу или на краю оврага.

Самый вероятный путь фамилии — севернорусский или западнорусский, где диалектное слово «шкарпа» было в ходу. Суффикс -ин типичен для территорий Новгородской, Псковской, Вологодской губерний, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем в центральной России. Сословно предки Шкарпиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по прозвищу отца в XVII–XIX веках.

Встречаются и однокоренные варианты: Шкарпов (от «шкарп» — царапина, заноза), Шкарпеткин (от украинского «шкарпетка»). Но Шкарпина — редкая форма, и её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, где прозвище закрепилось именно в такой огласовке.