Фамилия Шкильнюл — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но сама основа ставит в тупик. Первое, что бросается в глаза: в фамилии нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это значит, что перед нами не «притяжательное» образование от имени отца, а либо прозвище, застывшее в начальной форме, либо фамилия, пришедшая из другого языка и не переоформленная по русской модели. Скорее всего, основа Шкильнюл — это украинская или белорусская транскрипция, где суффикс -юл (-юль) указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму. Аналог — фамилии Шкиль, Шкилько, Шкильник.

Корень «шкиль» в восточнославянских говорах неоднозначен. В украинском языке «шкиль» — это шило, колючка, острая палка. В польском и белорусском диалектах «szkil» (шкіль) могло означать «стекло» или «осколок». Если отталкиваться от значения «шило», то прозвище Шкиль мог получить либо сапожник (шило — главный инструмент), либо человек с острым языком, колкий на слово. Версия со «стеклом» менее вероятна, но возможна: стекольщик или человек, работавший со стеклянной посудой. Форма Шкильнюл — это уже уменьшительное: «маленький Шкиль» или «Шкиль-сын». Так могли называть подростка, подмастерье или просто младшего родственника.

Географически фамилия тяготеет к западу Украины и югу Беларуси, где распространены фамилии на -юк, -ук, -юль. Встречается она крайне редко. В открытых базах данных (например, в телефонных справочниках начала XX века или в списках репрессированных) носители Шкильнюл почти не фиксируются, что говорит о малочисленности рода и, вероятно, о крестьянском происхождении. Дворянские фамилии с такой основой не зафиксированы.

Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Шкильню́л, по аналогии с украинскими фамилиями типа Гнатю́к, Костю́к. Второй вариант — на первый слог (Шки́льнюл), если фамилия обрусела и ударение сместилось. Спорных версий две: иногда корень «шкиль» путают с тюркским «шкіл» (школа), но это натяжка — фамилии Школьный, Школьников существуют отдельно и не связаны с этой формой. Правдоподобнее всего связь с ремеслом: предок нынешних Шкильнюлов был либо сапожником, либо человеком с острым, как шило, характером.