Фамилия Шкодниченко — яркий пример украинской модели фамилии, где суффикс -енко указывает на происхождение от отца или предка. В данном случае основа — прозвище Шкодник, а -енко значит «сын Шкодника» или «потомок Шкодника». Такие фамилии массово закрепились на Левобережной Украине и в южнорусских областях (Белгородчина, Воронежье) в XVII–XVIII веках, когда казацкие и крестьянские роды фиксировали своё родовое имя по отцу.

Корень «шкода» — польского происхождения (szkoda — убыток, вред). В украинских и южнорусских говорах «шкодник» означал не только озорника или шалуна, но и того, кто наносит ущерб: портит вещи, ворует по мелочи, пакостит. В крестьянской среде так могли прозвать непоседливого ребёнка, который вечно что-то ломал, или недобросовестного работника, который «шкодил» хозяйскому добру. В отличие от более мягкого «бедокур», слово «шкодник» несло оттенок практического вреда — испорченный инвентарь, рассыпанное зерно, разорванная одежда.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «шкода» в значении «жалко» или «обидно». Если человека постоянно жалели или он сам часто сокрушался («шкода ж, що так сталося»), прозвище Шкодник могло приклеиться иронично. Но основное значение — именно «вредитель» или «проказник».

Форма Шкодниченко, а не Шкоденко, говорит о том, что прозвище Шкодник было распространено в полной форме, а не в уменьшительной. В украинской ономастике суффикс -иченко часто присоединялся к основам на -ник: Мельник → Мельниченко, Плотник → Плотниченко. Так и здесь: Шкодник → Шкодниченко.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и восточных областях Украины — Черкасской, Полтавской, Харьковской, а также в приграничных районах России. Носителями были, скорее всего, потомки казаков или крестьян, получивших фамилию по отцовскому прозвищу. Никакого отношения к знатным родам или дворянству Шкодниченко не имеет — это типичная народная фамилия, отражающая характер или поведение предка.