Фамилия Шкорбатовы — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а оценочное прозвище, причём с яркой диалектной окраской. Корень здесь — «шкорб-», который в южнорусских и украинских говорах означал «царапина», «ссадина», «шрам». Прозвище Шкорбатый давали человеку со следами оспы или рябому — тому, чьё лицо было покрыто оспинами. В некоторых областях слово «шкорба» имело и переносное значение: «заноза», «обидчивый человек». Таким образом, фамилия указывает на внешний признак предка, причём не самый лестный, но в крестьянской среде такие прозвища давали без злого умысла, просто как отличительную примету.

Суффикс -ов- в фамилии Шкорбатовы — стандартный для русских фамилий, образованных от прозвищ на твёрдый согласный. Форма множественного числа (Шкорбатовы) закрепилась за целым родом, что типично для фамилий, которые входили в обиход через документы: «семья Шкорбатовых» → «Шкорбатовы». Интересно, что ударение в фамилии плавающее: в одних семьях говорят Шкорба́товы, в других — Шко́рбатовы, и оба варианта допустимы, так как исходное прозвище тоже произносили по-разному в зависимости от региона.

Географически фамилия тяготеет к югу России: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также восток Украины (Сумщина, Харьковщина). В этих местах слово «шкорба» было в ходу, тогда как севернее его почти не знали. По сословной принадлежности Шкорбатовы почти наверняка были крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи. В дворянских родословных книгах фамилия не встречается, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шкорбин, Шкорба, Шкорбатенко) показывает, что основа «шкорб-» не дала обилия вариантов — это говорит о локальности прозвища. В отличие от, скажем, фамилии Рябов (тоже «рябой»), Шкорбатовы — более конкретный маркер происхождения: если Рябов мог появиться где угодно, то Шкорбатов почти наверняка родом из южнорусского черноземья.