Фамилия Шкорлуханова — редкий случай, когда основа прозвища прозрачна, а суффикс ставит в тупик. Сразу видно корень «шкорлух-», который без сомнения связан со словом «скорлупа» (твёрдая оболочка яйца, ореха). В диалектах встречается форма «шкорлупа» (с «ш» вместо «с» под влиянием аканья или простонародного произношения). Значит, прозвище Шкорлуха, Шкорлухан могли дать человеку за твёрдость, замкнутость, «непробиваемость» — либо за внешнее сходство: маленький, круглый, как яичная скорлупа. Но это только половина ответа.

Главная загадка — суффикс «-ан-» в основе «Шкорлухан». В русских фамилиях на -ов/-ев и -ин типична основа на -а: Шкорлуха → Шкорлухин. Здесь же мы видим Шкорлухан-ов-а. Такая модель редка и указывает на то, что исходное прозвище звучало как «Шкорлухан» — скорее всего, образованное от «шкорлуха» с помощью увеличительного или уничижительного суффикса «-ан» (как «голован» от «голова», «ухан» от «ухо»). То есть Шкорлухан — это «большая скорлупа» или, в переносном смысле, «крепкий, толстокожий человек». Или же это имя-оберег: родители назвали ребёнка «скорлупой», чтобы он был защищён от зла, как яйцо скорлупой.

География фамилии неширокая. Шкорлухановы встречаются в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это зона севернорусских говоров, где «ш» вместо «с» — обычное явление, а суффикс «-ан» в прозвищах был продуктивен. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами-старожилами: фамилия не дворянская, не искусственная, а бытовая, возникшая в среде, где прозвища передавались по наследству без вмешательства церкви или администрации.

Сравните с однокоренными: Скорлупов, Скорлупкин — они встречаются чаще и образованы проще. Шкорлуханова — более архаичный вариант, сохранивший диалектное «ш» и редкий суффикс. Если у вас эта фамилия, ваши предки, вероятно, носили прозвище Шкорлухан, которое в XIX веке закрепили как родовое имя. Точной даты возникновения не назовёт никто, но письменные фиксации подобных форм в переписях XVIII века по Вятской губернии есть — значит, фамилия как минимум трёхсотлетняя.