Фамилия Шкарлуханов — редкая и с ярко выраженной региональной окраской. Её основа, суффикс и даже звучание указывают на южнорусские или украинские корни, а точнее — на территории, где было сильно влияние тюркских языков (Кубань, Дон, Ставрополье). В отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от полных имен, эта построена от прозвища, и его разбор — ключ к пониманию.

Корень «шкарлух-» — это диалектное слово. В южных говорах «шкарлуха» (или «шкарлупа») означает скорлупу, шелуху, корку. Человек по прозвищу Шкарлуха мог получить его за внешнюю сухость, худобу или, наоборот, за привычку «отшелушиваться» от дел — быть нелюдимым. Но есть и другая, более прозаичная версия: прозвище могло закрепиться за тем, кто занимался очисткой зерна, лущением семечек или работал с чем-то, что даёт шелуху (например, на мельнице или маслобойне). Суффикс -ан- в основе (Шкарлух-ан) — типичный для украинских и южнорусских прозвищ, он придаёт слову оттенок пренебрежительности или просто указывает на носителя признака: Шкарлухан — тот, кто связан со шкарлухой.

Модель образования проста: прозвище Шкарлуха → патронимический суффикс -ов. Это значит, что Шкарлуханов — буквально «сын Шкарлухи». В русской традиции такие фамилии фиксировались в казачьей среде и среди крестьян, где прозвища передавались по наследству быстрее, чем официальные имена. В документах XIX века фамилия могла писаться как Шкарлуханов, Шкорлуханов или Шкарлупанов — вариативность объясняется диалектным произношением и неграмотностью писарей.

Однокоренные фамилии — Шкарлупа, Шкарлупин, Шкорлупа — встречаются на Украине и в Белгородской области. Но Шкарлуханов стоит особняком: суффикс -ан- встречается реже, чем -ин или -ов, поэтому носителей этой фамилии мало. В современных телефонных справочниках и базах данных она фиксируется в Краснодарском крае и Ростовской области — это подтверждает версию о казачьем или крестьянском происхождении с Дона.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была недворянской. Фамилия не попала в «Бархатную книгу» или списки столбового дворянства — её носители были однодворцами, казаками или государственными крестьянами. Если искать социальный контекст, то это фамилия человека, чей предок занимался простым, но конкретным делом: молол зерно, лущил орехи, а может, просто был сухим и угловатым мужиком, за что и получил прозвище.