Фамилия Шкарлуханова — редкая, и её разбор требует нестандартного подхода. В ней сразу бросается в глаза суффикс -ан-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он указывает на признак по действию или свойству: «гулян», «болван», «грубиян». В паре с суффиксом -ов(а) он формирует отчество или прозвище, которое закрепилось за родом.

Самая вероятная основа — диалектное слово «шкарлуха». В южнорусских и украинских говорах так называли скорлупу, шелуху, корку. Человек, получивший прозвище Шкарлуха, мог быть сухим, жёстким или замкнутым — как скорлупа ореха. Либо, что правдоподобнее, он занимался лущением, обдиркой зерна или орехов — ремеслом, требовавшим сноровки. Модель образования проста: прозвище Шкарлуха → притяжательное прилагательное Шкарлуханов (чей?) → фамилия Шкарлуханов, а женская форма — Шкарлуханова.

Встречается другой вариант — от «шкарлупка» (уменьшительное от «шкарлуха»). Но суффикс -ан- в основе «шкарлухан» говорит о более грубой, мужской форме слова, нежели «шкарлупка». Поэтому версия с прямым прозвищем Шкарлуха выглядит убедительнее.

Носители фамилии исторически концентрировались в областях, где были сильны украинские говоры и традиции скорняжного или мельничного дела: Курская, Воронежская, Ростовская области. Встречается фамилия и у донских казаков — там прозвища по ремеслу или внешности давали особенно часто.

Благодаря редкости суффикса, фамилия Шкарлуханова не смешивается с более массовыми Шкарупами или Шкарубскими. Это не переделка иноязычной фамилии, а исконно русское (или украинское) прозвище, которое сохранило прямую связь с бытовой жизнью предков.