Фамилия Шкорубин — редкая, и её происхождение сразу ставит перед исследователем вопрос: от какого слова образована основа? Первое, что приходит на ум, — связь с глаголом «шкрябать» или «шкорубать». В южнорусских и украинских говорах «шкорубать» означает «скрести», «царапать», «чесать». Соответственно, Шкоруба — это прозвище человека, который постоянно чесался, или же того, кто имел привычку скрести что-то (например, стол во время разговора). Не исключено и более конкретное ремесленное значение: «шкорубать» могли говорить про скребущие движения при обработке дерева или кожи.

Суффикс -ин указывает на классическую русскую патронимическую модель: «чей?» — «Шкорубин», то есть сын или потомок Шкорубы. Такая форма образования типична для фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия эта явно не дворянская и не искусственная, а крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвища давали по яркой внешней черте или манере поведения.

Вторая, менее очевидная версия, отталкивается от диалектного слова «шкоруб» — так в некоторых областях называли шершавую, неровную поверхность или корку на хлебе. Тогда прозвище Шкоруба мог получить человек с грубой кожей или тот, кто пёк хлеб с толстой коркой. Но эта гипотеза уступает первой по распространённости корня.

Географически фамилия Шкорубин встречается крайне редко, преимущественно в южных областях России и на востоке Украины. В дореволюционных переписях она не была массовой, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного конкретного прозвища, закрепившегося за родом в одном селе или волости.

Однокоренных фамилий немного: Шкоруба (без суффикса), Шкорубов (с суффиксом -ов, но это уже другая модель), а также более распространённые Шкрябин, Скрябин — они образованы от того же корня «скрести», но в ином фонетическом обличье. Шкорубин стоит особняком именно благодаря диалектному «шк» вместо «ск».