Фамилия Шкорубко звучит как что-то из украинского или белорусского быта, и это верное направление. В её основе лежит прозвище, связанное с глаголом «шкрябати» или «скрести», а точнее — с диалектным словом «шкоруба» или «шкорубка». В говорах западных областей Украины и юга Беларуси так называли неровную, шершавую поверхность, например, кору дерева, или же нечто скребущее, царапающее. Человек мог получить прозвище Шкоруба за грубую кожу рук, за привычку чесаться или за въедливый, «скребущий» характер.

Модель образования фамилии прозрачна: основа Шкоруб- и типичный для украинской и белорусской ономастики суффикс -ко. Этот суффикс в восточнославянских фамилиях часто выполняет роль уменьшительности или принадлежности: Шкорубко — буквально «сын Шкорубы» или просто «маленький Шкоруба». Похожим образом построены фамилии Дубко, Ковалько, Гринько. В русской традиции такой суффикс встречается реже, поэтому фамилия уверенно указывает на западнорусские земли — современные Украина, Беларусь, а также прилегающие области России (Брянская, Смоленская).

Встречается и другой вариант написания — Шкорубка, что ещё ближе к исходному слову. В польском языке есть похожее «skorupa» (скорлупа, черепок), но фамилия Шкорубко — скорее восточнославянская, хотя и могла возникнуть на пограничных территориях под влиянием польской речи. В любом случае, предок носителя этой фамилии был, вероятно, человеком с заметной внешней особенностью или с прозвищем, данным за манеру поведения.

Сословного барьера фамилия не имела: Шкорубко мог быть как крестьянином, так и ремесленником или казаком. В реестрах запорожского казачества встречаются похожие прозвища, но конкретные носители фамилии Шкорубко известны только по разрозненным архивным записям XIX–XX веков. Фамилия редкая, не «раскрученная», и это делает её особенно ценной для тех, кто ищет свои корни: она не затерта массовыми переименованиями и сохранила локальный колорит.