Фамилия Шкотина — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а почти наверняка прозвище, причём с неожиданным смысловым поворотом. На первый взгляд корень «шкот-» вызывает ассоциации со «скотина», но это ложный путь: фамилия не имеет отношения к домашнему скоту. Её происхождение крепче связано с морским делом и диалектами Русского Севера.

Слово «шкот» (или «шкотина») в архангельских и поморских говорах означало верёвку, снасть, которой управляют парусом. В словаре Даля зафиксировано: «шкот» — снасть для растягивания паруса. Прозвище Шкота или Шкотина могли дать человеку, который работал с парусами: матросу, корабельщику, рыбаку, умевшему управляться с такелажем. Фамилия, таким образом, — профессиональное прозвище, перешедшее в наследство. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шкотин, то есть сын или потомок Шкоты.

Вторая, менее вероятная версия отсылает к южнорусским говорам, где «шкота» — убыток, порча, вред. Прозвище могли дать нерадивому или, наоборот, бережливому человеку, но эта гипотеза слабее: географически фамилия Шкотина встречается преимущественно на севере и северо-западе России — в Архангельской, Вологодской областях, Карелии. Это совпадает с ареалом поморской лексики.

Фамилия недвусмысленно говорит о роде занятий предка: он был связан с морем, рекой или озером, с парусным флотом. В крестьянской среде, где большинство фамилий образовывалось от имён или ремёсел, Шкотина — редкий пример «морского» корня, не стёртого временем. Её носители, скорее всего, потомки поморов или жителей северных речных поселений, где слово «шкотина» было обыденным, а не книжным.