Фамилия Шкотская — редкий случай, когда географическая основа очевидна, но путь её превращения в фамилию нестандартен. В отличие от типичных «географических» фамилий вроде Московский или Тверской, здесь работает не название города, а этноним или региональное прозвище.

Корень «шкот» — это историческое русское обозначение жителя Шотландии. В XVI–XVII веках на Руси всех выходцев с Британских островов, особенно наёмных военных и мастеров, называли «шкотами» или «шкотцами». Отсюда же фамилии Шкот, Шкотов, Шкотин. Форма Шкотская — притяжательное прилагательное женского рода, образованное с помощью суффикса -ск-, который в русских фамилиях чаще всего указывает на принадлежность к местности или сословию. Но здесь он работает иначе: не «из Шкотии» (такой топоним не зафиксирован), а «относящаяся к шкоту» — то есть либо жена или дочь человека по прозвищу Шкот, либо женщина, получившая фамилию по отцу-«шкоту».

Возможна и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть в среде польской или украинской шляхты, где суффикс -ск- типичен для дворянских фамилий, образованных от названий имений. В таком случае Шкотская могла означать владелицу или уроженку местечка Шкоты (гипотетического поселения, названного в честь шотландских колонистов). Однако документальных подтверждений существования такого топонима в Восточной Европе нет — это лишь реконструкция.

Главная особенность фамилии Шкотская — её редкость и «женская» огласовка. В русской традиции фамилии на -ская обычно принадлежали дворянкам или духовенству, но в данном случае скорее всего это поздняя паспортная фиксация: в XIX веке крестьянским семьям нередко записывали фамилии в форме женского рода, если глава семьи умер или документ оформляли на вдову. Так что предки носительницы фамилии могли быть и простыми людьми, в роду которых когда-то затесался наёмник-шотландец — или просто человек с прозвищем, данным за рыжие волосы, говор или службу в «шкотском» полку.