Фамилия Шкурган — редкая и звучит непривычно для русского уха. В ней нет типичного фамильного суффикса вроде -ов или -ин, что сразу наводит на мысль: перед нами не «сын Шкургана», а сам Шкурган, то есть прозвище, которое закрепилось как фамилия без изменений. Такая модель встречается реже, особенно среди восточнославянских фамилий, и чаще указывает на украинское или белорусское происхождение, где бессуффиксные фамилии (Коваль, Шевченко, Гай) более распространены, чем в великорусских землях.

Основа фамилии — слово «шкурган». Его значение неочевидно. Скорее всего, это вариант тюркского «курган» (насыпь, холм, древняя могила), но с начальным «ш». В русских говорах и украинском языке такое прибавление «ш» иногда встречается в заимствованиях (ср. «шкарпетки» от «карпетки»). Если это так, то прозвище Шкурган мог получить человек, живший у заметного кургана, или же тот, кого сравнивали с чем-то большим, неподвижным. Вторая версия — связь с украинским «шкура» (кожа, шкура). В таком случае прозвище могло относиться к кожевнику, скорняку или просто к человеку с грубой, «шкуристой» внешностью. Однако версия с тюркским корнем выглядит правдоподобнее: фамилия могла возникнуть в зоне активных контактов с тюркскими народами — на юге России, в Запорожье или на Кубани.

География фамилии сегодня размыта, но встречается она в основном на Украине и в южных областях России. В дореволюционных переписях фамилия почти не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании. Сословная принадлежность предков — скорее всего, казачество или крестьянство: прозвища без фамильных окончаний часто оставались у людей, не попавших под массовую паспортизацию XIX века.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая параллель — фамилия Курганов, которая образована от того же корня, но по стандартной русской модели. Шкурган стоит особняком: она сохранила исходное прозвище в почти неизменном виде, что делает её ценным свидетельством живой народной ономастики, не тронутой канцелярской унификацией.