Фамилия Шкутэ — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти наверняка. Ударение на последний слог и конечное -э выдают в ней типичную фамилию молдавского или румынского происхождения. В русском языке такие окончания нехарактерны, а в молдавском (и румынском) фамилии на -е, -у, -э — обычное дело. Поэтому предки носителя фамилии Шкутэ, скорее всего, жили в Бессарабии, Молдове или на приграничных территориях Украины (Одесская, Черновицкая области), где сильно молдавское влияние.

Основа фамилии — молдавское (румынское) слово «шкутэ» (scută) или его диалектный вариант. В современном румынском scută — это «щит», но в историческом контексте слово могло означать и нечто другое. В молдавских говорах «шкутэ» — это не только щит, но и, например, «заслонка», «ставня», а также «защита» в переносном смысле. Прозвище Шкутэ мог получить человек, который делал щиты (ремесленник-оружейник), либо тот, кто служил щитоносцем. Есть и более прозаичная версия: так могли назвать плотного, коренастого человека, которого трудно сдвинуть с места — «как за щитом».

Суффикса в привычном русском понимании у фамилии нет. Она образована напрямую от прозвища, без добавления патронимических суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «чистая» фамилия, которая застыла в форме именительного падежа. В молдавской ономастике такой способ — один из основных: Шкутэ, Донцу, Рошка, Лупу. Фамилия не склоняется по падежам в русском языке (кроме случаев, когда её носитель — мужчина и она оформлена как прилагательное, но Шкутэ — существительное, поэтому не склоняется вовсе).

Сравнение с однокоренными русскими фамилиями ничего не даст: в русской традиции корень «щит» дал фамилии Щитов, Щитников, Щитовкин — все они имеют суффиксы и указывают на профессию или принадлежность. Шкутэ стоит особняком: она не вписалась в русскую модель, сохранив свою молдавскую огласовку и грамматику. Это верный признак того, что предок был, скорее всего, из крестьян или мещан молдавского происхождения, и фамилия закрепилась в документах именно в том виде, в каком её записал писарь, не переделывая на русский лад.