Фамилия Шлепнев образована от прозвища Шлепень. В русских говорах так называли вялого, медлительного человека — того, кто шлёпает, а не идёт твёрдым шагом. Глагол «шлёпать» в переносном смысле закрепился за людьми расслабленными, нерасторопными, с тяжёлой походкой. Прозвище могло относиться и к тому, кто постоянно шлёпал по грязи, работал в сырости — например, сапожник или бондарь, имевший дело с водой.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ев присоединяется к основе на мягкий согласный (Шлепень → Шлепнев). Ударение в фамилии обычно падает на первый слог: Шле́пнев. Вариант с ударением на последний слог встречается реже и, скорее всего, связан с местным говором или случайной фиксацией в документах.

Фамилия не относится к числу распространённых. По данным переписей и телефонных справочников, Шлепневы чаще всего встречаются в центральных областях России — в Тверской, Ярославской, Московской. Встречаются также в северных регионах, что может указывать на миграцию носителей прозвища с новгородских земель, где диалектное слово «шлёпа» означало ещё и «ротозей».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шлёпин, Шлёпов, Шлепанцев — показывает, что все они восходят к одному глагольному корню, но различаются суффиксами. Шлепнев стоит особняком: если Шлёпин явно образован от краткой формы Шлёпа, то Шлепнев сохранил полную основу прозвища Шлепень, что для фамилий на -ев нехарактерно — обычно такие формы дают Шлепнёв (с беглым гласным), но здесь гласный остался, что делает фамилию архаичной по звучанию.

Дворянских родов с фамилией Шлепнев не зафиксировано. В ревизских сказках XVIII–XIX веков Шлепневы — крестьяне и мещане, чаще всего однодворцы. Это согласуется с прозвищным происхождением: фамилия родилась в крестьянской среде, где меткое слово цеплялось к человеку и переходило к детям.