Фамилия Шлепотина — женская форма от Шлепотин, и её разумнее всего рассматривать как отчество-прозвище. В основе лежит слово «шлёпа» или «шлёпот» — в русских говорах так могли называть человека, который ходит вразвалку, шлёпает по грязи или вообще производит шум, шлепки. Прозвище Шлёпа или Шлёпот давали либо неуклюжему, медлительному человеку, либо, наоборот, тому, кто громко и тяжело ступает, не скрывая своего присутствия.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Шлепотин). Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «шлёпать» в значении «бить, хлопать» — тогда прозвище могло закрепиться за мастером, работающим с молотком, или за строгим, «рукастым» человеком.

Географически фамилия встречается в основном в Вологодской, Костромской, Кировской областях — там, где в диалектах слово «шлёпа» означало ещё и «разиня, ротозей». Это не дворянская фамилия: Шлепотины — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших прозвище по внешней черте или манере поведения.

Интересно, что в старых переписях можно встретить вариант Шлёпотин — с ударением на первый слог, что подкрепляет версию происхождения не от «шлепок», а от древнего звукоподражательного корня. Однокоренные фамилии — Шлепков, Шлепаков, Шлёпин — все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что говорит о широкой распространённости прозвища в разных регионах.