Фамилия Шлейнин — сравнительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или нецерковного имени, корни которого уходят в немецкий или идиш. Основа «шлейн-» может восходить к немецкому слову Schlein (слизь, ил) или к глаголу schleinen (медленно течь, сочиться). Вряд ли прозвище давали за физическую «слизистость» — скорее, оно было ироничным: так могли назвать медлительного, вялого человека или того, кто работал в сырости, например, рыбака или кожевника.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Шлейнин — это «сын или потомок Шлейны». По модели образования фамилия типична для русской среды, но исходное прозвище явно пришлое. В XIX веке такие фамилии нередко встречались в черте оседлости, среди еврейского населения, где немецкие или идишские корни смешивались с русскими фамильными суффиксами. Впрочем, Шлейнин мог возникнуть и у обрусевших немцев-колонистов, например, из Поволжья.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от тюркского имени или прозвища. Но тюркские основы обычно дают фамилии на «-ов» или «-ев», а не на «-ин». Поэтому немецко-еврейский след выглядит убедительнее.

В дореволюционных источниках фамилия встречается эпизодически, в основном на западе Российской империи — в Витебской, Могилёвской, Киевской губерниях. Носители Шлейниных были мещанами или ремесленниками, дворянских корней у фамилии нет. Сегодня она остаётся редкой, но не исчезла: её можно встретить в России, Беларуси, Украине, а также у эмигрантов в Израиле и США.