Фамилия Шмерко звучит непривычно для русского уха, но её происхождение укладывается в понятную словообразовательную модель. Это типичная украинская или белорусская фамилия, образованная с помощью суффикса -ко. В восточнославянской ономастике этот суффикс выполнял роль уменьшительности или принадлежности: от имени или прозвища делали «малого» или «сына» (сравните: Иван — Иванко, Петро — Петько). Шмерко — это, скорее всего, «маленький Шмер» или «сын Шмера».

Основа Шмер- — ключ к разгадке. Здесь возможны два корня. Первый и самый вероятный: это вариант личного имени Шмерл или Шмер, которое было распространено у евреев-ашкеназов на территории черты оседлости (современные Украина, Беларусь, Польша). Имя Шмерл — это обиходная форма от Шимон (библейский Симеон), где произошла замена начального звука. В таком случае Шмерко — это патронимическая фамилия, то есть «потомок Шмера (Шмерла)». География фамилии — западные области Украины и юг Беларуси — это подтверждает.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с глаголом «шмеркать» (в диалектах — «смеркаться», «темнеть») или с польским szmer (шорох, шелест). Однако прозвище от таких корней давали бы по поведению («тихий, как шорох») или по времени рождения («вечерний»). Но в таком случае фамилия была бы более редкой, и её носители встречались бы в основном в польско-белорусском пограничье.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии Шмерко в XIX — начале XX века относились к мещанскому или крестьянскому сословию. Фамилия не дворянская, не княжеская. В ревизских сказках и метрических книгах она встречается в Волынской, Киевской, Подольской губерниях. В современной России Шмерко — фамилия редкая, её можно встретить в Краснодарском крае и Ростовской области, куда переселенцы с Украины переезжали в конце XIX — начале XX века.

Итог: фамилия Шмерко — украинско-белорусский патроним на -ко, образованный от обиходной формы имени Шимон (Шимон → Шмерл → Шмер). Предки носителя этой фамилии, скорее всего, жили на западе современной Украины, были мещанами или крестьянами, а сама фамилия — живое свидетельство культурного и языкового смешения на границе славянского и еврейского миров.