Фамилия Шоханаев — редкий случай, когда географическая привязка оказывается надёжнее, чем прозрачная этимология. Она почти наверняка ведёт на Северный Кавказ, в первую очередь в Кабардино-Балкарию или Карачаево-Черкесию. На это указывает характерный суффикс -ев, который в русской передаче закрепился за многими тюркскими и кавказскими фамилиями, и основа, звучащая по-балкарски или по-карачаевски.

Корень «Шохан» (Шоха́н) восходит к мужскому личному имени. В тюркских языках, в том числе в карачаево-балкарском, «шох» означает «изобилие», «богатство», «достаток». Имя Шохан, таким образом, — это имя-пожелание: «богатый», «обильный», «тот, у кого всего вдоволь». Аффикс -ан в таких именах часто выполняет функцию усилителя или указывает на обладателя качества. Получается, что Шоханаев буквально — «потомок Шохана», то есть человека, которого нарекли пожеланием достатка.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с арабским именем Шахан (от «шах» — царь, владыка), которое через тюркское посредство могло дать форму Шохан. Однако для кавказского региона вариант со значением «изобилие» органичнее: он вписывается в местную традицию имён-оберегов и имён-пожеланий.

По модели образования фамилия Шоханаев — типичная патронимическая: к имени отца Шохан прибавили русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих), и в конце XIX — начале XX века, когда у горских народов массово оформлялись русские фамилии, она закрепилась за родом. Встречаются варианты написания Шоханов и Шаханнаев, но Шоханаев — основная и самая распространённая форма. Носители фамилии живут в Кабардино-Балкарии, есть в Казахстане и Кыргызстане — следы переселений балкарцев в XX веке.