Фамилия Шолькин — один из тех случаев, где на слух слышится что-то нерусское, а по словообразованию это чисто русская модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шолькин — значит «сын Шольки» или «человек из дома Шольки». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Шолька.

Самая вероятная версия происхождения — от слова «шолька». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли мелкую щепку, лучинку, иногда — занозу. Прозвище Шолька могли дать человеку худощавому, сухопарому, «щепетильному» по характеру. В переносном смысле — обидчивому, колючему. Связь с ремеслом тоже возможна: шолькой называли отходы при обработке дерева, так что прозвище мог закрепиться за плотником или столяром.

Менее вероятна, но допустима версия от финно-угорского корня. В карельском и вепсском языках есть слова, звучащие как «šolka» — в значении «щель», «трещина», что тоже отсылает к чему-то узкому или колющему. Фамилия Шолькин встречается в основном в Вологодской, Архангельской областях и в Карелии — как раз на территории, где русское население веками контактировало с прибалтийско-финскими народами. Ареал бытования поддерживает обе версии, но не противоречит ни одной.

Словообразовательно фамилия проста: суффикс -ин прикреплён к основе на -а. Такая модель типична для прозвищных фамилий второй половины XVII — XVIII века. Шолькин — не дворянская фамилия, её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В документах она фиксируется с XIX века, но не входит в число распространённых: это редкая локальная фамилия, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска именно по Русскому Северу.