Фамилия Шовгенин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Её разбор стоит начать с суффикса: -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть предка звали Шовгеня. Это прозвище или неканоническое имя, которое и стало ядром фамилии.

Корень «шовг-» в русских говорах почти не встречается, зато он хорошо известен в адыгских (черкесских) языках. Там «шовген» — форма, близкая к «щауэгъэн» или «шъауэгъэн», что означает «княжеский оруженосец», «телохранитель» или «дружинник». В адыгском сословном обществе так называли людей, прислуживавших князьям и дворянам, — нечто среднее между слугой и воином. Если предок носителя фамилии был выходцем с Кавказа, прозвище Шовгеня могло закрепиться за ним именно в этом значении.

Однако есть и русская версия, пусть и менее вероятная. В некоторых южнорусских говорах «шовга» или «шовгун» — диалектное обозначение непоседы, шатуна или человека с резкими, порывистыми движениями. Слово это звукоподражательное, связанное с глаголом «шовгать» (шаркать, тереть). В этом случае Шовгеня — прозвище по характеру или походке.

Склоняемся к первой версии: адыгское происхождение основы объясняет и редкость фамилии, и её нестандартное звучание для русского уха. Фамилия Шовгенин могла возникнуть в среде казачества или крестьян юга России, где контакты с горскими народами были обычным делом. Скорее всего, предок получил прозвище Шовгеня от соседей-адыгов или сам носил его как свидетельство службы у князя.

Географически фамилия тяготеет к Краснодарскому краю и Адыгее — именно там фиксируются её первые носители в метрических книгах XIX века. В центральных областях России Шовгенины почти не встречаются, что подтверждает региональный характер фамилии.