Фамилия Шовгеня звучит необычно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. Она почти наверняка имеет белорусские или украинские корни. В основе фамилии лежит прозвище или личное имя, образованное от глагола «шавгаць» или «шовгати», что в юго-западных говорах означает «шаркать», «волочить ноги», «ходить медленно, вразвалку». Человек, получивший такое прозвище — Шовга, — мог отличаться неторопливой, тяжёлой походкой.

Суффикс «-еня» (в белорусском варианте часто «-эня») — характерный уменьшительно-ласкательный или патронимический формант для восточнославянских фамилий, особенно распространённый на территории современной Беларуси. Он встречается в фамилиях типа Коваленя, Руденя, Гарбузеня. Таким образом, Шовгеня — это не просто «сын Шовги», а скорее «маленький Шовга» или «потомок Шовги», что придаёт фамилии оттенок родственной близости, а не формального указания на отца.

В отличие от фамилий на «-ов/-ев» или «-ин», которые в основном закрепились за великорусским дворянством и крестьянством центральных губерний, модель на «-еня» осталась в основном в западных регионах, где дольше сохранялась традиция прозвищ и не было столь жёсткой унификации фамилий по «официальному» образцу. Сословно носители фамилии Шовгеня, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Никаких сведений о дворянском происхождении этой фамилии в доступных источниках нет.

С точки зрения словообразования, фамилия Шовгеня стоит в ряду редких, но показательных примеров, когда в основе лежит не профессия и не церковное имя, а бытовая, даже несколько ироничная характеристика внешности или поведения. Фамилия не имеет ничего общего с кавказскими или тюркскими корнями, несмотря на созвучие с названием аула Шовгеновский (ныне Хакуринохабль) — это случайное совпадение. Для этимолога Шовгеня интересна именно своей региональной привязкой и сохранением архаичной модели именования, которая в центральной России почти исчезла.