Фамилия Шпикин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или нецерковного имени с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Шпикин буквально значит «сын Шпики» или «человек из рода Шпики». Основа здесь — прозвище Шпика.

В русских говорах слово «шпика» имело несколько значений. В северных и центральных областях так могли называть колючку, занозу, острый шип или тонкую щепку. Прозвище Шпика мог получить человек колкий на язык, язвительный или, наоборот, очень худой, «колючий» с виду. Второе, не менее вероятное значение связано с ремеслом: «шпикой» в некоторых регионах называли инструмент для прокалывания, например, шило или острый стержень. Соответственно, Шпикой могли прозвать сапожника, портного или жестянщика — мастера, который постоянно работал с колющими предметами.

Менее распространённая версия связывает прозвище с украинским или южнорусским словом «шпик» — шпион, соглядатай. В этом случае фамилия носила бы переносный, ироничный характер. Однако для фамилии Шпикин эта версия менее убедительна: суффикс -ин чаще присоединяется к основам на -а, а «шпик» дал бы форму Шпиков. Форма Шпикин прямо указывает на исходное «Шпика».

Фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в старых документах по Вологодской и Костромской губерниям. Это косвенно подтверждает связь с северными говорами, где слово «шпика» в значении «заноза» или «щепка» было в ходу. Сословно Шпикины чаще всего были крестьянами или ремесленниками, фамилия не принадлежала к дворянским родам.