Фамилия Шпилишникова — женская форма мужской фамилии Шпилишников. Она образована от прозвища или профессии предка по мужской линии. В основе лежит слово «шпилишник». Так в некоторых русских говорах называли мастера, который изготавливал шпильки — тонкие гвозди без шляпок, используемые в сапожном, плотницком или бондарном деле. Шпилишник мог быть кустарём-одиночкой или работником на гвоздильном заводе. Фамилия указывает на ремесленное происхождение рода: предок носителя фамилии занимался мелким металлообрабатывающим промыслом.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно фамилии от профессий образуются с суффиксом -ов/-ев (Кузнецов, Плотников) или -ин (Ткачихин). В случае Шпилишникова использован суффикс -ник, который в русском языке часто обозначает лицо по занятию (шпилишник — «тот, кто делает шпильки»). Затем к основе добавили фамильный суффикс -ов, что дало Шпилишников. Это довольно редкий случай: суффикс -ник в фамилиях встречается, но обычно в топонимических (Зеленников) или вторичных образованиях, а здесь он напрямую восходит к конкретному ремеслу.

Географически фамилия Шпилишников (и Шпилишникова) тяготеет к центральным и южным регионам России. В дореволюционных переписях она фиксируется в Тульской, Рязанской и Воронежской губерниях — областях, где было развито кустарное гвоздильное производство. Поскольку фамилия редкая, её носители, вероятно, происходят из одной или нескольких соседних деревень, где промысел был семейным.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её ошибочно связывают с немецким словом Spiel (игра) или фамилией Шпильман, но это натяжка: русские говоры знают именно «шпилишник» как название мастера, а не заимствованную игру. Правдоподобнее версия с гвоздями: она подтверждается и диалектными словарями, и историей ремёсел в Черноземье.

В итоге фамилия Шпилишникова — не про географию или имя, а про конкретное дело: её предки были людьми ручного труда, которые делали шпильки для обуви и бочек. Это редкая ремесленная фамилия, сохранившая в основе слово, которое уже почти вышло из употребления.