Фамилия Шпитонкова — женская форма фамилии Шпитонков, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. Слово «шпитонок» или «шпитонка» сегодня не встречается в живом языке, но его можно реконструировать. Скорее всего, в основе лежит прозвище, связанное с диалектным глаголом «шпитонить» — то есть шутить, подкалывать, острить, иногда не без ехидства. В некоторых говорах так говорили про человека, который любил позабавиться за чужой счёт или вставлял колкие замечания. Соответственно, Шпитонок — тот, кто «шпитонит», балагур или насмешник.

Модель образования простая: основа «шпитон-» плюс уменьшительно-ласкательный суффикс «-ок», который в русских фамилиях часто указывал на молодого человека или сына (как Козлов — сын Козла, но Шпитонков — сын Шпитонка). Суффикс «-ов» стандартно добавлял значение принадлежности. Таким образом, Шпитонков буквально означал «сын Шпитонка», а Шпитонкова — «дочь или жена Шпитонкова». Фамилия довольно редкая, что говорит о локальном бытовании прозвища — возможно, в южнорусских или украинских говорах, где «шпитонить» было в ходу.

Версия о связи с заимствованным словом «шпитон» (от немецкого Spitze — остриё, шпиль) маловероятна: такое значение не даёт прозвища, а скорее указывало бы на профессию, но следов ремесла «шпитонщика» в источниках нет. Также не стоит путать фамилию с польской Szpytko или чешской Špiton — у них другой корень и суффиксация.

Географически Шпитонковы встречаются в основном в центральной России и Поволжье, что подтверждает версию о диалектном происхождении: именно в этих регионах фиксируются говоры с глаголом «шпитонить». Сословного барьера фамилия не имела — её могли носить и крестьяне, и мещане, и однодворцы. В документах XVIII–XIX веков она не попадалась в дворянских родословных, что тоже косвенно указывает на простонародную основу.