Фамилия Шпитонова — женская форма фамилии Шпитонов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Шпитон. В основе лежит диалектное слово «шпитон» или «шпитонь», которое в тверских, псковских и новгородских говорах означало «насмешник», «пересмешник», «зубоскал». Человек, получивший такое прозвище, видимо, любил подшучивать, острить, а может, и язвить. Глагол «шпитонить» в тех же краях значил «насмехаться, трунить».

Модель образования проста и архаична: суффикс -ов/-ев, указывающий на принадлежность (буквально «сын Шпитона»). Такая схема типична для большинства русских фамилий, но основа «шпитон» — редкая. Она почти не встречается за пределами северо-западных областей России, что сразу даёт географическую привязку: корни фамилии, скорее всего, ведут в Новгородскую или Тверскую губернии.

В словаре Даля слово «шпитонить» зафиксировано именно с пометкой «тверское». Интересно, что существует и однокоренная фамилия Шпитонов, а также более редкая Шпитонин, где суффикс -ин указывает на происхождение от женского прозвища Шпитоня. Но вариант Шпитонов — основной и самый распространённый.

Сословного барьера у фамилии не было: прозвище могло закрепиться и за крестьянином, и за посадским человеком. В дореволюционных переписях Шпитоновы фиксировались в основном среди государственных крестьян и мещан. Никакой связи с иностранными языками или «шпионством» здесь нет — это чисто русское, народное прозвище по характеру, которое со временем стало фамилией.