Фамилия Шпунарский — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений. Принадлежит к группе фамилий на -ский, которые в польской и западнорусской традиции часто указывали на владельца поместья или выходца из определённого места. Однако в случае Шпунарского географическая привязка маловероятна: в доступных источниках нет ни села, ни урочища с похожим названием. Скорее всего, перед нами «ремесленная» фамилия, образованная от прозвища Шпунар.

Корень «шпун-» восходит к немецкому «Spund» — пробка, затычка, втулка. В восточноевропейских диалектах так называли бондаря, который делал деревянные затычки для бочек, или вообще мастера по изготовлению шпунтов — пазов и гребней при соединении досок. Шпунар — человек, занятый в бондарном или столярном деле, связанном с герметизацией ёмкостей. Суффикс -ар- типичен для названий профессий в польском, украинском и белорусском языках (ср. гончар, столяр, шпуляр — тот, кто делает шпули).

Фамилия Шпунарский — это патроним или прозвищная фамилия, оформленная по шляхетской модели. Сын Шпунара или человек, находящийся в услужении у Шпунара, получал прозвание Шпунарский. Окончание -ский со временем закрепилось как фамильное, хотя первоначально могло означать «принадлежащий Шпунару». Носители фамилии исторически концентрировались на территории Речи Посполитой — в современной Западной Украине, Беларуси и восточных воеводствах Польши. После разделов эта фамилия попала в метрические книги Российской империи, где её записывали с характерным окончанием -ский, а не -ски (как в польском варианте).

В русском языке фамилия Шпунарский не получила широкого распространения. Её носители встречаются единично, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одной семьи или даже одного мастера, чьё прозвище стало родовым. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шпуна́рский, хотя в разных диалектах могло смещаться.