Фамилия Шпыркова образована от прозвища Шпырко через стандартный патронимический суффикс -ов (с последующим наращением -а в женском роде). Основа — слово «шпырь» или глагол «шпырять». В русских говорах «шпырь» — это колючка, заноза, острый предмет. Отсюда же «шпынять» — колоть, задевать словами, язвить. Прозвище Шпырко могли дать человеку с острым языком, насмешливому и колкому, либо тому, кто постоянно придирался и «подкалывал» окружающих.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: прозвище на -о (Шпырко) плюс притяжательный суффикс -ов. Такая схема чаще всего встречалась на юге России, в Белоруссии и на Украине. Фамилия Шпырков (Шпыркова) фиксируется в XVI–XVII веках в реестрах запорожских казаков, что указывает на возможное происхождение из казачьей среды. Среди однокоренных — Шпырёв, Шпыркин, Шпырнов, но Шпырков выделяется именно суффиксом -к-, который в прозвищах часто придавал оттенок уменьшительности или фамильярности.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные основы разбираются в контексте прозвищ по характеру: «шпынь» — насмешник, остряк. Таким образом, носитель фамилии Шпыркова мог быть потомком человека, славившегося остротой языка или колкостью нрава. Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, что делает её географически привязанной к определённым районам — преимущественно к Черноземью и югу России.