Фамилия Штаньков образована от прозвища Штанёк или Штанько, и её ключ — не в предмете одежды, а в диалектном значении. В южнорусских и украинских говорах «штанько» или «штанёк» — это не просто уменьшительное от «штаны», а насмешливое прозвище человека, который носил короткие, обтрепанные или не по размеру штаны. В ироничной крестьянской среде так могли назвать нерадивого хозяина, бедняка или просто неряху, чьи порты вечно были на смех. Основа фамилии — «штан-», к которой добавился суффикс -к- (указывающий на уменьшительность или пренебрежение), а затем типичный русский фамильный суффикс -ов. Модель образования простая: прозвище на -ко (Штанько) дало фамилию Штаньков, что буквально означает «сын Штанька» или «из рода Штанька».

В отличие от фамилий вроде Штанов (от прямого названия одежды), Штаньков звучит более фамильярно и диалектно. Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — областям, где в ходу было слово «штанько». В документах XVII–XVIII веков можно встретить казачьи прозвища подобного типа: например, в реестрах Запорожской Сечи попадались Штанько или Штанько́вский, но это именно прозвища, а не фамилии в современном смысле. В XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии, форму Штаньков закрепили за целым родом.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с польским «szczanek» (щелок) или литовским «štankas» (пень), но это натяжки: фонетика и ареал распространения говорят в пользу славянского «штаны». Есть и редкий вариант, что прозвище дали портному или торговцу штанами, но это маловероятно — прозвища от ремесла обычно прямые (Портнов, Швец), а Штаньков явно насмешливое. Сословно фамилия преимущественно крестьянская, встречается у бывших государственных и помещичьих крестьян центрально-чернозёмных губерний.

Из-за редкости и диалектной окраски фамилия Штаньков не попала в списки дворянских родов и не фиксируется в ранних боярских книгах. Это типичная «бытовая» фамилия, которая говорит не о происхождении от имени предка, а о его внешности или привычках, причём с оттенком добродушной иронии.