Фамилия Штефаненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала самой распространённой на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко образовывал патронимы: он означал «сын» или «потомок» того, кто назван в основе. В данном случае основа — Штефан, западноукраинский и южнославянский вариант имени Стефан, которое восходит к греческому «стефанос» — «венок, корона». Таким образом, Штефаненко — это «сын Штефана», то есть Степана.

Отличие Штефаненко от более привычной фамилии Степаненко — в начальном звуке. Форма Штефан (с «ш» вместо «с») характерна для говоров Западной Украины, особенно Галичины и Буковины, а также для польского и румынского языков. В этих регионах имя Stefan произносится с мягким «ш». Поэтому Штефаненко — не случайное искажение, а закономерный диалектный вариант. Носители фамилии, скорее всего, происходят именно из западных областей Украины, где языковые контакты с польским и румынским были особенно сильны.

Существует и менее вероятная версия, что Штефан может быть не именем, а прозвищем — например, по фамилии немецкого или австрийского колониста. Однако в украинской ономастике такие прямые заимствования редки, и имя Стефан в его местных формах даёт более простое и логичное объяснение.

Сословно фамилия Штефаненко не привязана к дворянству. В малороссийской среде фамилии на -енко носили в основном казаки, крестьяне и мещане. Это массовая модель, которая не указывает на знатное происхождение, но зато точно говорит о происхождении из украинской среды, где патроним на -енко стал фамилией наследственной уже к концу XVIII века.