Фамилия Шугалия — редкая и неоднозначная по происхождению. Скорее всего, она имеет искусственное, книжное происхождение и не связана с древним прозвищем или ремеслом. Её основа — «шугал» — отсутствует в русских народных говорах в качестве имени или прозвища. Наиболее вероятно, что фамилия образована от грузинского имени Шугали или Шугала, которое в переводе означает «смелый» или «храбрый». В таком случае суффикс -ия — типичный для грузинских фамилий (ср. Гулия, Джугашвили, но с иной моделью), и Шугалия — это русифицированная форма грузинской фамилии, где конечное -ия передано без изменений. Носители такой фамилии могли быть выходцами из Грузии или иметь грузинские корни, а сама фамилия закрепилась в русскоязычной среде через документы.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «шугал» (от «шук» — «тихий, смирный»), которое могло стать прозвищем спокойного человека. Однако такая основа нехарактерна для русских фамилий, и суффикс -ия в этом случае выглядит чужеродным: русские фамилии от тюркских прозвищ обычно оформлялись суффиксами -ов/-ев или -ин (Шугалов, Шугалин). Поскольку фамилия Шугалия встречается в основном в записях XIX–XX веков, скорее всего, она принадлежит к числу поздних, семинарских или приписных фамилий, которые давали учащимся духовных училищ по красивому или необычному звучанию. В таком случае её могли создать искусственно, взяв за основу редкое грузинское имя или переосмыслив слово «шуга» (от «шугать» — пугать), но без прямой бытовой подоплёки. Сословно предки Шугалий могли быть священнослужителями, мещанами или казаками, но точных данных о географической привязке нет — фамилия не массовая и не привязана к одному региону.