Фамилия Шугенов образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от основы с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Шугена. Значит, в основе лежит личное именование или прозвище Шуген. Такое имя не встречается в святцах, поэтому его происхождение — мирское, дохристианское или тюркское.

Вероятнее всего, корень восходит к тюркскому слову «шуга» или «шуг» — в ряде тюркских языков так называют осоку, камыш, болотную растительность. Прозвище Шуген мог получить человек, живший у заросшего камышом озера, либо занимавшийся заготовкой тростника. В казахском и ногайском языках есть слово «шуға» — «осока», а суффикс -ен/-ан часто образует уменьшительные или ласкательные формы. Тогда Шуген — «камышовый», «тростниковый».

Менее вероятна, но возможна версия от арабского имени Шуга (Шуджа) — «храбрый», «отважный», с тюркским уменьшительным суффиксом -ен. Однако арабское «шуджа» дало бы скорее форму Шудженов, а не Шугенов. Поэтому версия с «камышом» выглядит более прямой.

Фамилия редкая, географически тяготеет к югу России и Северному Кавказу — встречается у кабардинцев, балкарцев, ногайцев. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии почти не фиксируются, что указывает на позднее оформление — скорее всего, в XIX веке, когда у горских народов начали массово записывать фамилии по русскому образцу.

Словообразовательно фамилия проста: основа Шуген- плюс патронимический суффикс -ов. Ударение, судя по аналогиям, падает на второй слог — Шугéнов. В однокоренных фамилиях (Шугаев, Шугин) корень тот же, но суффиксы разные, что говорит о разных прозвищных формах у разных ветвей рода.