Фамилия Шуковская — женская форма фамилии Шуковский, а та, в свою очередь, образована по типичной для польской и западнорусской шляхты модели: от названия местности (ойконима) с помощью суффикса -ск-/-цк-. Такие фамилии указывали на владение землёй или происхождение из конкретного села или поместья. Носитель фамилии Шуковский — либо потомок того, кто владел местечком Шуково (или Шуков), либо выходец оттуда.

Корень «шук-» в восточнославянских говорах неоднозначен. Самое прямое толкование — от прозвища Шука (Щука). Рыбные прозвища были распространены на Руси: Шукой могли назвать хитрого, цепкого или зубастого человека. Однако для фамилии с суффиксом -овский/-евский более вероятна географическая основа. В Польше и на территории современной Беларуси известно несколько топонимов с корнем Шук-: деревни Шуково (в Смоленской области, в Беларуси) и Шуков (в бывшей Гродненской губернии). Фамилия Шуковский могла закрепиться за шляхтичем, чьё родовое гнездо называлось Шуково или Шуков.

Вторая, менее вероятная, но лингвистически возможная версия — от древнерусского имени-прозвища Шука. В этом случае суффикс -овский выполнял бы не топонимическую, а патронимическую функцию: «сын Шуки». Однако такая модель (имя + -овский) характерна скорее для искусственных семинарских фамилий, а для старых родовых — редкость. Поэтому версия с местом происхождения выглядит убедительнее.

В России фамилия Шуковская встречается нечасто и концентрируется в западных регионах — в Смоленской, Псковской, Брянской областях, а также в Беларуси и на Украине. Это подтверждает её западнорусские или польские корни. Встречаются варианты написания: Шуковская (с одной «с») — более редкая форма, Шуковский (мужской вариант). Двойное «с» в суффиксе — результат ассимиляции корня и суффикса, что грамматически правильно.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шуков (без суффикса -ск-) — более простая, крестьянская или мещанская форма; Шукин — от прозвища Щука через суффикс -ин. Шуковская стоит на ступень выше по социальной лестнице: такие фамилии чаще носили дворяне, шляхта или духовенство. Если предок был священником, фамилию могли дать по названию села, где стоял храм. Точно сказать, кем был первый Шуковский, без генеалогического исследования нельзя, но круг поиска сужается до двух вариантов: мелкопоместный шляхтич с западнорусских земель или выходец из села Шуково.