Фамилия Шустаева образована от прозвища или личного имени Шустай. В русской ономастике это довольно редкая основа, и её происхождение стоит разобрать подробнее.

Первый и самый вероятный вариант — связь с диалектным глаголом «шустать», который в разных говорах означает «чистить, скрести, обдирать» (например, шустать крупу) или «суетиться, хлопотать, быстро двигаться». В таком случае Шустаем могли прозвать либо расторопного, подвижного человека, либо того, кто занимался очисткой зерна — крупорушника или мельничного работника. Второе значение встречается в южнорусских и украинских говорах, где «шустать» — это ещё и «торопливо идти, шуршать».

Менее распространённая, но возможная гипотеза — происхождение от имени Шустай как варианта крестильного имени Иустин (в просторечии Устин, Устя). В ряде регионов «шустрый» и «Шустай» могли быть народными переосмыслениями этого имени, особенно если учесть, что корень «шуст-» ассоциируется с проворством. Однако подкрепления в серьёзных ономастических источниках эта версия почти не имеет.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Шустай добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Шустаев), то есть сын или потомок Шустая. Форма на -ев, а не на -ин, говорит о том, что основа оканчивалась на согласный или й. Встречается она преимущественно в центральных и поволжских областях России, но без массового распространения — фамилия остаётся сравнительно редкой.

Таким образом, носитель фамилии Шустаев, скорее всего, происходит от предка, которого в быту называли по его характеру (шустрый, быстрый) или по занятию (чистильщик зерна). В любом случае, прозвище было ярким и запоминающимся, что и закрепилось в фамильном имени.