Фамилия Шустакова — женская форма фамилии Шустаков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Шустак. В русской ономастике слово «шуст» и его производные (шустрый, шустак) означали человека подвижного, бойкого, расторопного. В словаре Даля «шуст» — это бойкий, проворный человек, а «шустак» — тот же корень, но с уменьшительно-усилительным суффиксом -ак. Таким образом, Шустаком могли назвать непоседу, живчика или того, кто всё делал быстро и ловко.

Модель образования проста: суффикс -ов (в мужской форме Шустаков) указывает на принадлежность — «сын Шустака». Фамилия относится к типичным русским патронимическим фамилиям, которые массово закрепились в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей. Суффикс -ак в основе не редкость: он часто придавал прозвищу оттенок характерной черты (сравните: Гуляк, Крепышак). В данном случае он не столько уменьшительный, сколько определительный — «тот, кто шуст».

Географически фамилия Шустаков (и Шустакова) бытует в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. В этих краях слово «шуст» было распространено в живой речи. Также есть версия, что в некоторых говорах «шустак» могло означать не только бойкого человека, но и ремесленника, связанного с обработкой кожи или шерсти (от «шуст» — щётка для чистки, или «шустать» — чистить, тереть). Однако это менее вероятно: основное значение всё же связано с характером.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения среди дворянства и духовенства — она типично крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях Шустаковы чаще всего числились государственными крестьянами, реже — купцами. Фамилия не меняла формы: в женском роде всегда писалась через -а, без вариантов вроде Шустакина (хотя такое написание встречается в единичных случаях из-за ошибок писцов). Для носительницы фамилии Шустакова её происхождение — прямая отсылка к предку, которого в деревне прозвали за живость и расторопность.